朱厚照驾崩无子嗣位，朱厚熜按太祖“兄终弟及”的遗训进京登基，成为明朝第十一任皇帝，世称嘉靖皇帝。这位少年天子公私分明，虽然与孙家小姐联姻不成，但他不计前嫌任人唯贤，当有人提出让孙交复官的建议后，立马得到了批准。御史周宣奏请说：“图国家治安在培养士气，培养士气在辨别忠邪……至如大学士谢迁、刘忠，尚书孙交、邵宝……先朝旧臣，素协时望，宜亟赐召用，使天下知守道不回之士虽遭废斥，尚有登用之期”。嘉靖皇帝立即批转所司议行，吏部奉诏查先朝直言守正降黜并乞归诸臣，拿出了“待次征召”的计划。

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嘉靖皇帝下达了征召户部尚书孙交复原职的诏书，并且“遣官赍敕征之，令即日驰驿来京”，可见新皇求贤的心情是非常迫切的。官复原职对吃官饭的人来说，肯定是一件天大的好事，但孙交并不愿意，而是多次上疏“辞免新命”，其中的原因在当时就有人说是“女不欲纳王宫”，“盖以此自嫌”，这也是猜测之词，但有一点不可否认，“其女终生不复嫁人”。也许这是原因之一，也可能他真的希望把机会留给别人，究竟为何只有他自己知道，当然孙交的辞免是无力的，并且越是辞免嘉靖皇帝就越是坚持。

孙交以衰老不能赴召的辞疏上达朝廷，嘉靖皇帝当即回复：“卿累朝耆旧，清慎老成，顷以佥言召用，且令吏部遣官趣行，其遵初命，即日就道，以副朕简贤图治至意，慎无再辞”。嘉靖皇帝批准侯观乞休之后，户部暂时由左侍郎秦金主其事，户部尚书的位置对孙交早就已经虚位以待了，风尘仆仆赶到北京的孙交再次上疏辞免，嘉靖皇帝仍然不批准，还赞扬他名德老成，让其快快就职，孙交仍然不安心，只到他第三次以身体有病要求退休的请求遭到驳回后，才暂时打消了辞归的念头。

此时的孙交虽然已经年近古稀，但他仍然十分敬业，他没有忘记老兴王过去对他的厚爱，为了大明的江山社稷，这位历经四朝的老臣，第一道奏章，就是要嘉靖皇帝坚持日读《皇明祖训》，还要求皇宫的学习讲座每天都要开讲并且长年不断。他认为“圣祖精神心术尽在此书，深有得于大学之道”，言行都要遵循准则，“合则决然行之，悖则决然止之，如此则圣心允合于圣祖之心，而圣治亦可以同符矣”。嘉靖皇帝看到奏章非常高兴，“览奏具见忠爱，朕当一一讲明施行”。

孙交在户部尚书的位置上发挥了许多这样独到的作用，如议迁显陵到天寿山一事，孙交向嘉靖皇帝建议说：“山陵事体重大，太祖欲迁仁祖于钟山，就是担心泄漏了灵气才没有实行，这些事在《皇陵碑》上写得清清楚楚，所以要慎重”。他的一番话让嘉靖皇帝取消了迁移钟祥显陵的计划，他兴利除弊不遗余力，如武宗后期所形成的侈汰风气，造成库藏殚虚。孙交采取裁减中官冗员，除去经制宿弊等办法，使国力逐渐恢复。如正德中，上林苑内臣至99人，侵夺公私地不计其数。嘉靖皇帝即位后命留18人，但不久又复传奉至62人，孙交乞汰如初，且侵夺地尽数归还。御马监阎洪请给外豹房地，孙交说：“先帝以豹房故，贻祸无穷。阎洪等欲修复以开游猎之端，非臣等所敢闻”，在他的坚持下只颁诏以地十顷给豹房，余令百户赵恺等佃种如故。他还奏疏认为各处巡抚官每岁入京议事不便，除漕运总兵、参将八月会议运事外，其余应议重大事止令奏请等等。这些建议，嘉靖皇帝基本上都予以采纳，使朝政振兴，面目一新，因而得到了朝野的许多好评。

特别值得一提的是，在任期间孙交曾有“安陆乃发迹旧都，民贫役重，每岁有起运钱粮，乞改为存留，以培根本”的奏本，获嘉靖皇帝准许，这是孙交为家乡人民所做的最大一件好事。孙交言论谦恭谨慎，从不以势位骄人，因而在朝中颇有人缘，给事中夏言等清核皇庄田，极言皇庄为害于民，在孙交的努力下，使正德以来投献侵牟之地，大多逐渐退还于民，宦戚辈虽从中阻扰，而朝野投以赞许，因此有许多拥护他的朋友。