朱由一即位，马上封赏百官。以史可法、马士英为兵部尚书、张慎言为吏部尚书、高弘图为礼部尚书。这三人俱为东阁大学士。其他各官都得升授新职晋爵：进黄得功为靖南侯、左良玉为宁南侯、高杰为兴平伯、刘泽清为东平伯、刘良佐为广昌伯。

同时，由于南京身边就是强大的江南军地地盘，为了安抚住朱由斌，朱由“下旨”晋朱由斌为“仁孝忠勇武英王”，赏金千斤，锦缎千匹，受天子仪仗，仪仗队列所用士兵，只比皇帝用的少六十二人……

同时，马士英依然担心朱由斌势大，而且江南之地离南京又近，随时可以控制住南京，为了消除这一隐患，便向朱由进言，欲要趁着江南军在山海关等处激战的时候，巧妙地夺取掉朱由斌的权利！

朱由也实在是个混帐东西，屁股还在皇帝的位置上还没有坐热，便头脑发昏地认为马士英此言大妙，可他又能有什么主意，当时便召来史可法问计。

史可法只一应便大惊失色，苦苦哀求朱由，只道当年先帝在时，亦拿朱由斌没有办法，现在朱由斌势力遍布整个江南，乃至山东河北等地，如何能够动他分毫？要一旦激起武英王怒火，只怕当时就会惹来滔天大祸！

可惜，朱由蠢笨无比，马士英又被权利冲昏了头，竟然都不同意，一心只威逼着史可法尽快想出办法来，史可法被逼得无奈，只得为“皇帝”出了个计谋：

将天下划分成几个重镇，分别由朝廷派兵驻守，又在边关、南京和杭州各设一督师，管理节制各镇人马，边关之地以朱由斌为督师，南京和杭州则由朝廷委派；又派人给朱由斌再发去“圣旨”，命他着力剿匪，只要能给朝廷数月时间，说不定到时候就能控制住江南富裕之地……

可惜这办法虽好，却总也是史可法的书生之见，他远远忽视了政治斗争的残酷，远远忽视了朱由斌在江南经营十数年，无论在军队官吏，还是在百姓中的巨大威望……

可朱由和马士英一听大喜，都觉得此计大妙，当时便着手安排。

而其后马士英果然以拥戴之功格外受重用。朱由下达旨意，马士英保障东南，功劳最大，着加太子太保，荫一子锦衣卫指挥佥事世袭。

本来，他应出外督师，诸臣也希望他去，把史可法留在南京，主持大计。但马士英根本就不想离开南京，企图把持朝政，就对史可法虚情假意地说道：

“您的威名素著，军士们都钦佩您。您能经营于外，而我居中，各帅听令，一切事都好办。”

史可法明白他的意思，也想着避开他，避免自己最不愿意做，也是最让人害怕地党争，就说自己愿意离开南京，于是向朱由请求到杭州督师。

朱由批准史可法去杭州督师，特加太子太保衔，令百官至郊外饯行。可是，所有人心里都清楚得很，那杭州是武英王的老巢，去了虽不致有生命之忧，却也是凶险万分……

史可法离开的时候，再三叮嘱朱由，若想把皇帝位置长久地坐下去，就一定要任用贤能，尊重军士，尤其是要结好武英王……

那朱由才即位的时候，说话谦和，处事谨慎，待人平和，拘拘守礼。他听从各方面的建议，选贤任能，部署军事，判定施政措施，宣布实行“国政二十五款”，颇有一番新朝圣明天子的气象……

可是，昏聩无能地人，再如何伪装自己，也始终会暴露出狐狸尾巴，朱由从登基开始，就已经注明了他会面临什么样的下场！

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